Não necessariamente usar files "crackeados" trazem insegurança, o exemplo acima foi a MuSite 2.5, alem do mesmo arquivo ter sido liberado, configurando-o corretamente não tem problema algum, recomendo mudar as portas de conexão, não para se prevenir de invasão, mais sim contra ataques, recomendo dar permissões de leitura nos arquivos de LOG independente do site, e também mudar a porta da conexão RPD (Conexão Remota, antes consulte a empresa que lhe presta o serviço), recomendo utilizar CloudFlare para não somente proteger mais também para tornar os acessos mais rápidos e também reduzir o consumo de recursos.
PS: Recomendo desativar os logs na Settings.php, creio que pela fator segurança, e também falta de leitura do mesmo (ninguém que tem um erro num site vai atrás dos logs pra ver o que houve [não quando se trata do MuOnline], RARAMENTE isso acontece).