Olá, bom dia!

Então, para recuperar parâmetros passados pela URL, você vai utilizar o método GET.

Exemplo básico:
Código:
meusite.com/affiliate.php?userRef=username
Código PHP:
echo $_GET['userRef'];  // print username 
Coletando os dados da URL, você pode adiciona-los em um [Somente membros podem ver os links. ], adicione um TEMPO para expirar esse Cookie, e quando for preencher o INPUT, pegue o valor do Cookie, ou simplesmente print o $_GET.