A proteção fica quase que inteiramente por conta da empresa que você alugar o VPS, eles deve fornecer as devidas proteções a ataques DDOS e afins.
De sua parte, o interessante é não utilizar as portas padrões do MuServer, mas alterar elas para assim prevenir eventuais ataques, só tenha cuidado
pois tem alguns GameServers, etc... que não funcionam se alterar as portas. Hoje em dia para você sofrer ataque "descente", de quem realmente entende como fazer, o seu Servidor deve ter um bom tamanho e estar rivalizando forte com os outros grandes ou então, ter uma ex namorada ou alguém que te odeio muito para pagar uma pessoa
qualificada para realizar tais ataques, não é qualquer um que faz isso, não basta apenas seguir tutorial de internet pois qualquer empresa de VPS de fundo de quintal tem uma segurança mínima.