Adicione uma referencia ao namespace Microsoft.Win32 :

Código PHP:
CODE
using Microsoft.Win32

Dentro da classe do form, coloque o código:




Código PHP:
RegistryKey rkApp Registry.CurrentUser.OpenSubKey("SOFTWARE\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Run"true); 
Agora adiciona 2 RadioButton no form.

No evento Click do radioButton1, coloque:



Código PHP:
rkApp.SetValue("WindowsFormsApplication1"Application.ExecutablePath.ToString());
// Isso fará com que o aplicativo INICIE junto com o windows 

Agora no evento Click do radioButton2, coloque



Código PHP:
rkApp.DeleteValue("WindowsFormsApplication1"false);
// Isso fará com que o aplicativo NÃO inicie junto com o windows 
Agora no evento Load do form, coloque o seguinte codigo:





Código PHP:
if (rkApp.GetValue("WindowsFormsApplication1") == null)
{
radioButton2.Checked true;
}
else
{
radioButton1.Checked true;
}
// Esse código verificará se o aplicativo esta ou não iniciando com o windows